金門位於東亞至澳大利西亞候鳥遷徙路線的樞紐，擁有豐富的鳥類資源，另外包括瀕危保育類歐亞水獺、臺灣本島罕見之冠八哥與金龜，復有東南亞特有之緬甸蟒、栗喉蜂虎等多樣珍稀物種。
鳥類
金門的地理位置十分特殊，不僅靠近歐亞大陸，也位於東亞澳遷徙線上。因此，雖然與台灣在同一緯度，兩地的鳥類卻有顯著差異。金門每年除了留鳥外，還有大量夏候鳥、冬候鳥和過境鳥在此停留。截至2023年，金門已記錄超過400種鳥類，其中包括知名的夏日精靈－栗喉蜂虎和冬日黑色大軍-鸕鶿。春夏之際，杜鵑科鳥類奏鳴其動人旋律，宣告了繁殖季節的來臨，而小燕鷗、黑腹燕鷗同時也在大小湖畔上展開精彩的表演。初夏，大批的栗喉蜂虎會從南方而來，一邊展開彩虹般的羽翼滑翔，一邊清脆的歌唱，使牠們成為金門特有的美景並深受人們的喜愛，7月以後大多會離巢在樹上夜棲，等到10月左右，聚集來自大陸沿岸的夥伴，一同南下度冬。而秋冬時節的金門，東北季風起，聚集多樣大量的野鳥，又是一波賞鳥的季節。
爬行動物
春日，隨著雨水的滋潤和氣溫的回暖，金門迎來了兩棲爬行動物的活躍季節。根據調查記錄，金門共有24種兩棲爬行動物，其中包括6種蛙類，它們常在溝渠水池旁整天鳴叫。另外還有2種淡水龜鱉─金龜與中華鱉，金龜喜歡生活在較為原始的水域環境，如龍陵湖、金門植物園等。金門有12種有鱗目爬行動物，共有7種蛇類，常見的有緬甸蟒、南蛇、草花蛇及雨傘節，另有2種水蛇和一種超級迷你的鉤盲蛇。在金門的蛇類中，雨傘節雖具劇毒，但牠們通常不會主動攻擊人類。此外，金門也曾記錄過綠蠵龜、革龜和玳瑁等海龜類的擱淺案例。
哺乳動物
談到金門原生的哺乳動物，絕對不能不提到水獺：這種水陸兩棲的優雅生物，在金門被視為幸運的象徵，更是外地遊客夢寐以求的觀賞對象。
此外，金門也有空中飛翔與海洋遨遊的哺乳動物！在天空中飛翔的哺乳動物中，蝙蝠是常見的代表，它們經常在夜晚的路燈下捕食昆蟲。截至2023年，金門已記錄了至少10種蝙蝠，大多數都是捕食昆蟲的好幫手，也有一些以水果為食，特別的是2018年發現的新記錄─大足鼠耳蝠，它們也吃魚。而在金門海域，常見的海洋哺乳動物包括寬脊和窄脊露脊鼠海豚、以及中華白海豚，也曾有過柏氏中喙鯨和長吻真海豚的擱淺紀錄。
金門得天獨厚的地理環境與歷史背景，孕育了豐富的生態資源。透過觀察與探索金門的自然與人文景觀，可以深刻感受到這裡的生態之美。
